枯草芽孢桿菌和哈茨木霉菌作用生防菌，可有效防治由腐霉菌、立枯絲核菌、鐮刀菌、核盤菌等引起的作物根部土傳病害。兩種菌的總體作用機理類似，包括空間競爭，拮抗作用，溶菌作用，分泌抗生素以及酶類，刺激作物生長和誘導免疫反應。區別在于枯草芽孢桿菌對于大部分土傳的真菌性和細菌性病害都有不錯的防效，在國內研究成熟，哈茨木霉菌主要針對土傳真菌性病害效果好，國外研究比較成熟。

關于兩者的混配性或者復配制劑的問題，建議不要混用，因為哈茨木霉菌屬于真菌，枯草芽孢桿菌會對其產生一定的抑制作用。建議先用哈茨木霉菌，隔1至2兩天再用枯草。哈茨木霉菌生命力強，繁殖速度快，適合各種土壤類型，一旦定植在植物根系和植物建立起了共生關系，基本不會再受外界環境影響，然后在使用枯草，達到真菌細菌病害統一防治的目的。